Pada Mei 1986, al-Faruqi dan isterinya dibunuh di rumah mereka di Wyncote, Pennsylvania oleh Joseph Louis Young, juga dikenali sebagai Yusuf Ali. Young mengaku melakukan jenayah tersebut, dihukum mati, dan meninggal dunia dalam penjara atas faktor kesihatan pada tahun 1996.[46][47][48] Serangan itu juga menyebabkan anak perempuan mereka, Anmar al-Zein, cedera parah tetapi dia terselamat selepas menjalanani rawatan perubatan. Pelbagai teori telah dikemukakan mengenai motif di sebalik pembunuhan tersebut, termasuklah cubaan rompakan yang digagalkan atau pembunuhan yang bermotifkan politik.[49][50][51][52]